Scientific Linux è una distribuzione GNU/Linux, sviluppata dal "Fermi National Accelerator Laboratory"(Fermilab) e dall' "European Organization for Nuclear Research" (CERN), e mira ad essere compatibile al 100% con i pacchetti basati su .rpm e su Red Hat. Questa distribuzione è basata sul software libero reso disponibile da Red Hat, ma non è prodotta, mantenuta o supportata da Red Hat inc. Più precisamente, essa è basata sul codice sorgente di Red Hat Enterprise Linux, sotto i termini e le condizioni della Red Hat Enterprise Linux's EULA e della GNU General Public License. Il Fermilab aveva già creato una distribuzione Linux conosciuta col nome di Fermi Linux LTS 3.0.1, basata su RHEL. Nel frattempo, il CERN stava sviluppando la versione successiva di Cern Linux, anch' essa basata su RHEL. Fu il CERN a proporre al Fermilab di unire gli sforzi; Connie Sieh, la principale sviluppatrice di Fermi Linux, si rese conto del potenziale di questa collaborazione[senza fonte], prevedendo che del progetto avrebbero beneficiato non solo i due grandi centri di ricerca ma anche una moltitudine di piccoli laboratori. Sieh è stata la principale sviluppatrice, guidando lo sviluppo dei primi prototipi e delle relase iniziali. Il primo prototipo fu chiamato HEPL, ossia High Energy Physics Linux, e fu accolto favorevolmente dalla comunità scientifica. Molti espressero tuttavia insoddisfazione per quanto riguardava la scelta del nome, in quanto non tutti gli utenti si occupavano di fisica delle alte energie[1]. Il nome fu quindi cambiato in Scientific Linux. La prima relase ufficiale risale al 10 maggio 2004. Con il rilascio di Scientific Linux 3.0.1, il CERN iniziò a collaborare e divenne co-sviluppatore della distribuzione. Scientific Linux include software utile per gli scienziati ed in generale per chi lavora con dati scientifici; alcuni esempi sono le librerie FITS, Graphviz, e il linguaggio di programmazione R.

KStars è un programma di simulazione astronomica incluso nel pacchetto kdeedu di KDE. È un software libero distribuito con licenza GNU General Public License. KStars fa parte del modulo kdeedu (programmi di edutainment) di KDE, e viene normalmente rilasciato assieme agli altri programmi. E' un planetario digitale per KDE (K Desktop Environment) capace di fornire un'accurata simulazione del cielo notturno, con stelle, costellazioni, ammassi, nebulose, galassie, tutti i pianeti, il Sole, la Luna, comete e asteroidi. Si può vedere il cielo come appare da qualsiasi località terrestre, in qualsiasi data. Grazie alle sue funzioni, è adatto ad utenti di ogni livello, da informazioni per il dilettante, articoli sull'astronomia, informazioni generali, al controllo di telescopi e fotocamere CCD ed elaborati calcoli astronomici. L'interfaccia utente è estremamente intuitiva e flessibile. È possibile usare il mouse per far scorrere la mappa celeste, ingrandirla e rimpicciolirla, e ogni oggetto può essere facilmente identificato e inseguito nel suo moto celeste. Sebbene KStars includa parecchie funzionalità avanzate, l'interfaccia è semplice e divertente da utilizzare. L'ultima versione distribuita è la 1.3.0, rilasciata assieme a KDE 4.0.2. KStars fa parte del modulo kdeedu (programmi di edutainment) di KDE, e viene normalmente rilasciato assieme agli altri programmi.

Gamgi fornisce un'interfaccia grafica per costruire e analizzare strutture atomiche. Il programma è pensato per la comunità scientifica che necessita di una interfaccia grafica per studiare le strutture atomiche e per preparare immagini per presentazioni e per insegnare le strutture atomiche della materia. GAMGI mira ad essere utile per: 1) la comunità scientifica di lavoro nella modellizzazione atomistica, che ha bisogno di una interfaccia grafica per creare e analizzare le strutture atomiche, 2) la comunità scientifica in generale, che ha bisogno di una interfaccia grafica allo studio delle strutture atomiche e di preparare le immagini per le presentazioni, 3) l'insegnamento della struttura atomica della materia nelle scuole e nelle università, anche invitando gli studenti a correre GAMGI a casa, 4) la promozione della scienza, in mostre e musei della scienza.

Non solo programmi rilasciata sotto la licenza GPL per Internet, Office, Sicurezza, Grafica, Multimedia oppure il divertimento offre la nuova versione di Ubuntu 10.04 Lucid Lynx, ma anche tantissimi programmi, alcuni noti, come Saga, Samtools, Sextractor, Shogun ed altri un po' meno, ma comunque sempre validissimi dedicati alla scienza. A continuazione l'elenco completo N-R con la solita recensione individuale e i collegamenti all'Home Page ufficiale, guide, tutorials e recensioni, da Saga a Zygrib. Alcuni pacchetti: saga (2.0.4+dfsg-2) [universe] System for Automated Geoscientific Analyses samtools (0.1.7a~dfsg-1) [universe] processing sequence alignments in SAM and BAM formats sat4j (2.2.0-3) [universe] Efficient library of SAT solvers in Java seaview (1:4.2.4-1) [multiverse] Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny seesat5 (0.90.10-1.1) [universe] a satellite location program sextractor (2.4.4-1) [universe] source extractor for astronomical images shogun-cmdline (0.9.3-4ubuntu1) [universe] Large Scale Machine Learning Toolbox shogun-dbg (0.9.3-4ubuntu1) [universe]

Stellarium è un planetario gratuito Open Source per il vostro computer. Mostra un cielo realistico in 3D proprio come lo vedreste ad occhio nudo, con un binocolo o un telescopio. Viene utilizzato anche in planetari in videoproiezione. Stellarium è un planetario virtuale realizzato mediante software, libero secondo i termini della GNU General Public License; disponibile per Linux, Windows e Mac OS X. Questo software usa OpenGL per fornire una rappresentazione del cielo in tempo reale. Con Stellarium è possibile vedere oggetti alla portata di grandi telescopi. Stellarium è stato sviluppato dal francese Fabien Chéreau, che ha lanciato il progetto nell'estate del 2001. Tra gli altri sviluppatori si annoverano Robert Spearman, Johannes Gajdosik, Matthew Gates, Nigel Kerr e Johan Meuris. Stellarium contiene una vasta gamma di caratteristiche che lo rendono un planetario apprezzato esclusivamente nell'àmbito della didattica astronomica. L'impossibilità di stampare carte celesti unita ad imprecisioni nel posizionamento dei corpi del sistema solare e la mancanza di un sistema di ricerca automatica di vari fenomeni astronomici, ne impediscono l'uso per scopi di ricerca.

Raster 3D è un insieme di strumenti per la generazione di immagini raster di alta qualità di proteine o altre molecole. Le sfere principali del programma lo rendono particolarmente adatto per la generazione d'immagini triangolari, cilindriche quadriche con evidenziazione speculare, Phong shading, e shadowing. Esso utilizza un efficiente algoritmo software Z-buffer, che è indipendente da qualsiasi hardware grafico. Ha anche programmi accessori per calcolare il processo atomico, coordinate dai file PDB in rendering, descrizioni per le immagini, composto di nastri, space-filling atomi, ecc. Raster3D può essere utilizzato anche per rendere le immagini composte in altri programmi come Molscript in 3D con riflessi , ombre, ecc uscita è quella di pixel file immagine con 24 bit di informazioni di colore per pixel.

Un'impurità del diamante costituita da un solo atomo di azoto, se opportunamente stimolata mediante impulsi laser, emette singoli fotoni entangled col proprio stato di spin. Un altro piccolo ma importante passo verso la realizzazione del computer quantistico Harvard è stato compiuto grazie a uno studio di un gruppo di fisici dell’Università di Harvard che ha ottenuto per la prima volta un entanglement quantistico tra fotoni e un atomo in un materiale a stato solido. L’entanglement è un fenomeno peculiare della fisica quantistica secondo il quale due particelle opportunamente preparate e poi separate possono comunicare l’una all’altra il proprio stato quantistico in modo istantaneo a distanze arbitrarie. A lungo previsto per via teorica e dimostrato sperimentalmente solo in anni recenti, finora era stato dimostrato solo utilizzando singoli fotoni o ioni atomici.

Open CASCADE Technology è una piattaforma di sviluppo software 3D CAD, CAM, CAE, ecc., sviluppata e supportata da OPEN CASCADE S.A.S.. Essa è disponibile sotto la "Open CASCADE Technology Public License" che lo sviluppatore qui specifica "LGPL-like with certain differences". Nonostante questa specificazione, non è incluso nella List_of_FSF_approved_software_licenses (lista di compatibilità con la licenza LGPL), redatta dagli editori della LGPL, la Free Software Foundation. Ultima versione stabile rilasciata: 6.30.12 (27 gennaio 2010) È stato oggetto di discussione se questa licenza è compatibile con la Debian Free Software Guidelines (linee guida della Debian Free Software) ed è collocato nella Debian's non-free software section.

Non solo programmi rilasciata sotto la licenza GPL per Internet, Office, Sicurezza, Grafica, Multimedia oppure il divertimento offre la nuova versione di Ubuntu 10.04 Lucid Lynx, ma anche tantissimi programmi, alcuni noti, come Kalign, Mpqc, Kstars, Montecarlo ed altri un po' meno, ma comunque sempre validissimi dedicati alla scienza. A continuazione l'elenco completo N-R con la solita recensione individuale e i collegamenti all'Home Page ufficiale, guide, tutorials e recensioni, da Ncbi-epcr a Root-system-xrootd.

Kalzium è un programma per la visualizzazione della tavola periodica degli elementi per l'ambiente desktop KDE. Il programma contiene informazione sugli elementi chimici, incluso la massa, carica, foto, informazioni sulla scoperta, dati sulla chimica e sull'energia, e un modello dell'atomo. La tabella può essere configurata per mostrare la numerazione, la fase, e il colore degli elementi in vari modi.